上海交通大学医学院附属第九人民医院始建于1920年。1952年更名为上海市第九人民医院。1964年，正式成为上海第二医科大学附属第九人民医院(以下简称“第九医院”)。2005年，上海第二医科大学和上海交通大学正式合并，第九医院更名为上海交通大学医学院附属第九人民医院(以下简称“第九医院”)。2014年11月，经上海市人民政府批准，上海交通大学医学院附属第九人民医院和上海交通大学医学院附属第三人民医院(原宝钢医院，三级综合医院)进行整合，统一布局，统一管理。上海市第三人民医院命名为“上海交通大学医学院附属第九人民医院(北院)”，第二个命名为“上海交通大学医学院附属第三人民医院”，2015年10月，上海市组委会批准市教委将上海交通大学医学院附属第三人民医院合并为上海交通大学医学院附属第九人民医院。

　　上海第九医院是由政府主办，上海市卫生局批准注册的非营利性综合医院。医院南校区位于黄浦区(制造局路639号)，北部院区位于上海北翼的宝松区(漠河路280号)。同时在浦东新区友谊区有9家医院浦东分院(严阵路166号)和高科牙医美容诊所(岩桥路350号)，徐汇区有红梅牙医美容诊所(红梅路3310号)，静安区有大沽牙医美容诊所(大沽路388号)。医院承担本市基本医疗服务，主要从事重、疑难疾病的治疗。也是上海120定点医院，上海牙科干部保健定点医院。

　　第九医院总占地面积109亩(南61亩，北48亩)，总建筑面积21.2万平方米(南14.7万平方米，北6.5万平方米)。核定床位总数1800张(南方1000张，北方800张)，实际开放床位1819张(南方1019张，北方800张)。综合口腔椅326个，临床科室61个，医疗技术科室10个。医院有4592名员工。目前，第九医院拥有四位工程院院士：整形外科医生张教授、口腔颌面外科医生邱教授、骨科医生戴茂荣教授、口腔颌面头颈肿瘤专家教授。医院现已成为国内学科特色鲜明、临床科技创新具有一定核心竞争力的综合性医院。复旦大学医院管理学院医院声誉排名连续7年位列全国前25名，整形外科排名全国第三，口腔医学排名全国第三，骨科和眼科提名。

　　目前第九医院也是爱丁堡外科学院头颈部肿瘤培训中心单位，口腔颌面外科医师协会(IAOMS)培训中心单位，口腔颌面外科内固定学会颅面分会(AOCMF)培训中心单位。